Добрый день.
Цитата: Мог ли Налоговый орган самостоятельно зачесть сумму пени в налог?
Налоговый орган в соответствии с тем, что вы цитируете мог зачесть переплату по налогу в недоимку по пеням, наоброт, к сожалению, нет.
Цитата: 3. Налоговый орган обязан сообщить налогоплательщику о каждом ставшем известным налоговому органу факте излишней уплаты налога и сумме излишне уплаченного налога в течение 10 дней со дня обнаружения такого факта.
Опять речь только о налоге, у вас переплата по пеням.
Поэтому статья 78 НК РФ вам помочь не может. Да и даже если бы помогла - вы налоговикам ущеб выставить хотите?
Цитата: Но, к большому сожалению, это пока только законопроект.
А вот это может вам помочь.
Поскольку недоимка смешная, можно попробоваь направить ходатайство в лицензирующий орган (и лучше лично с ним прийти) - бюджет не пострадал, сумма недоимки маленькая, на момент предоставления ходатайства задолженность погашена, законопроект, дающий налогоплательщику время на погашение задолженности (т.е. условия планируют смягчить) обсуждается, вину свою признаете, каетесь, обещаете никогда никогда так не делать. Возможно они пойдут вам навстречу.
И никогда не звоните в налоговую с такими вопросами - хотите знать об отсутствии задолженности - получаете в налоговой справку о задолженности по налогам и сборам и читаете ее своими глазами.